종교활동에 따르는 소득에 대하여 세금 부과를 시작하고 6년이 지났지만, 과세 방식과 결과에 대한 논의는 여전히 진행되고 있다. 종교인의 소득 신고는 근로소득과 기타소득 중에서 선택할 수 있어서 과세의 취지를 살리지 못한다는 지적이 나오고 있다. 종교인은 신고 소득액이 적고 기타소득은 세금 공제율이 크기 때문에 일반근로 소득자의 실효세율에 비해 10% 정도의 세율이 적용되기 때문이다. 종교인 소득에 대한 비과세 입장과 일반과세 입장 사이에서 절충이 이루어진 결과이다. 과거에는 비영리 단체에서의 종교활동 자체가 사회봉사이므로 그 사역을 수행하는 종교인에 대한 과세가 부당하다는 주장이 있었고 종교단체에 세무조사를 실시하면 종교영역에 국가권력이 개입된다는 의견도 있었다.
한편, 조세평등주의에 근거하여 종교소득도 급여소득이므로 과세해야 하며, 종교 외에도 과세하는 사회봉사 활동이 존재하기 때문에 예외를 둘 수 없다는 주장도 있었다. 종교계에서는 납세를 통해 종교의 재정문제를 예방하고 회계의 투명성을 추구하자는 움직임도 나타났다. 정책적 차원에서는 종교인 과세가 상대적으로 인권과 사회복지의 사각지대에 있는 미자립 종교단체에서 활동하는 빈곤층 종교인이 국가의 의료보험, 연금, 실업급여, 기초생활 등의 복지혜택을 받을 수 있는 길을 연다고 볼 수 있다. 이러한 다양한 관점들 사이에서 우리가 추구해야 할 방향은 종교인 과세를 단편적으로 접근하기보다 각 입장 안에 내재하는 장단점을 분석하고 절충적이고 융합적인 대안을 제시하는 것이다.
우리나라에서는 오랜 기간 종교인 과세를 금기시했다. 대표적인 명분은 종교인의 활동을 근로 노동으로 보기 어렵다는 것이다. 그것은 종교인을 단순히 수익을 목적으로 종교단체에서 활동하는 것이 아니라 사명감으로 봉사하고 사례금을 받는다는 주장이다. 종교라는 특수성과 종교인에 대한 공익적 역할을 고려한다면 과세할 수 없다는 것이 이러한 주장의 특징이다. 비영리 단체에서의 종교활동 자체가 사회봉사이므로 그 사역을 수행하는 종교인에 대한 근로소득 과세가 부당하다고 보는 것이다. 한편, 조세평등주의에 근거하여 종교소득도 급여소득이므로 세금을 부과해야 하며, 종교 외에도 사회에 봉사하며 납세하는 직업들이 존재하기 때문에 예외를 둘 수 없다는 주장이 공존하였다. 지금은 종교인 과세를 통해 교회의 재정문제를 예방하고 회계의 투명성을 추구할 수 있다는 주장도 설득력을 얻고 있다.
미국에서는 종교인에게 세금을 부과하는 것이 국세 수입을 증대하기보다 종교인을 보호하는 취지가 더 강하다고 볼 수 있다. 성직자의 종교활동에 대해 세금을 부과하는 일은 세금의 기능보다 사회보장제도에 따른 혜택으로 볼 수 있다. 독일에서는 일반 근로소득에서 종교세를 원천 징수하기 때문에, 종교활동에 따른 소득에 세금을 부과하지 않는다. 독일에서 종교인 과세는 종교세를 전제하며, 미국에서는 사회보장제도를 전제한다. 따라서 우리도 종교인 과세를 모호한 의미에서 납세의무로만 지정하기 전에 종교적, 사회적 상황을 고려한 다원적 논의가 요청된다.
종교활동은 경제적 가치로 환산할 수 없는 봉사영역이다. 종교인의 헌신과 소득은 ‘경제적 인센티브’가 아니라 ‘도덕적 인센티브’의 차원에서 평가되어야 한다. 마이클 센델(Michael Sandel)은 모든 것을 자본으로 환산하는 자본주의 경제구조를 비판하면서 인간 노동의 가치를 임금으로 산출하는 한계를 지적하였다. 종교인 과세는 이미 시행 중이지만 세금의 부과에 있어서 불로소득과 근로소득이 구분되어야 하는 것처럼, 일반 근로소득과 종교인 소득도 구분되어야 한다. 또한 종교인 과세를 좁은 의미에서 납세의 의무에서만 접근할 것이 아니라, 종교인의 대부분을 차지하는 사회, 경제적 소외자들의 인권과 복지를 현실화하는 방향으로 적용해야 한다.
